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瘟疫橫行在大明，這位醫生懸壺濟世，留下名垂青史的《瘟疫論》
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天地間無時不洋溢正邪兩氣，若一個壯漢，精神充沛，免疫力強大，即便四時不正，氣候無常，邪氣亦不能輕入人體，稍有侵入，也無可逞強；若一耄耋（mào dié）老人，哪怕風和日麗，但其血氣兩虧，正難壓邪，戾氣便徑直侵入，先肌膚，再腠理，後肺腑，人便奄奄一息了。
明朝末年，王朝積弊叢生，積重難返，李自成、張獻忠造反，屢敗屢戰，關外的女真民族摧城拔寨，朝廷左支右絀（chū），內外交困。崇禎皇帝宵衣旰（gàn）食，焦心求治，沒有一天不勤政，沒有一天不嗟（jiē）嘆，他四處撲火，但總是功虧一簣（kuì）。朝廷日薄西山，免疫力低下，導致本不該在通衢大道橫行的邪氣，從深溝大壑里逸出來害人。
當時，孫傳庭督師河南，領導明朝最後一支主力，這是崇禎僅有的一點資本，本應該保存實力，靜觀待變，但崇禎內心焦慮，定力不足，總幻想著一夜之間天下太平，不敢想像要是三百年的江山斷送在自己手裡，簡直無顏去地下見祖宗，他一直希望有像岳武穆這樣的奇才來力挽狂瀾，且多次申明自己用人不疑，當全力支持，可實際上崇禎用人，求全責備，稍見起色，便就督促再接再厲，一旦臣下有閃失，便棄之不用，另起爐灶，給他當差，朝不保夕，極為寒心。
崇禎屢下嚴旨，督促孫傳庭出潼關找闖賊決戰，孫傳庭被他逼得急火攻心，耳朵都聾了。他多次向崇禎訴苦，說部隊裝備低劣，盔甲刀槍銹跡斑斑，火銃大炮沒有打得響的，糧餉也一欠再欠，軍心不穩，不堪實戰。靠這支部隊，嚇唬小蟊（máo）賊還有餘，要對付悍賊李自成，無異於以卵擊石。
崇禎不聽，他以為孫傳庭在找借口搪塞，不肯實心為他賣命，妄圖騙了朝廷接濟來壯大自己的實力。而此時，鼠疫不期而至，橫掃河南大地，阡陌連篇，孫傳庭雪上加霜。被感染鼠疫的城鎮村落人口死絕，屍首枕藉（jiè），瘟疫也傳進軍營，每天有十幾人發燒、嘔吐、昏迷，每隔一兩日就要死一批人。
而軍醫沒於防治瘟疫傳染的醫學知識，只是按照醫書上治療傷寒的古法來醫治病員，其炮製的湯藥自然不能對症下藥，且感染人群和未感染人群相雜，同吃同住，瘟疫很快大爆發，部隊還沒有實戰，便十去六七，戰鬥力大損。在孫傳庭窮途末路之際，來了一個游醫叫吳又可，早年在京城太醫院供職，名不見經傳，他和李時珍一樣，都因看不慣太醫院同事昏庸無能，不鑽研業務，只醉心於攀附權門，勾心鬥角而辭去公職，遊走江湖，懸壺濟世，發揚救死扶傷的革命人道主義精神。
李時珍寫了一本《本草綱目》，吳又可則寫了一部《瘟疫論》。
吳又可成了孫傳庭的及時雨，他認為，部隊的染病絕不是普通的傷寒，傷寒如飄風，只入肌膚，沒有根基，葯到則病除，而瘟疫是天地間的戾氣，平常不能見，偶爾露崢嶸。
明朝時期還沒有電子顯微鏡，沒有病毒的概念，吳又可把病毒稱作戾氣。他說，陽光明媚時，由窗戶透進一縷光柱，光柱間有無數的揚塵，這就為戾氣。人在呼吸間，戾氣便會進入呼吸道，潛伏到人的肺腑間。若人元氣旺盛，戾氣就難以逞凶，或不發作，或晚發作；若人元神晦暗，戾氣便即時發作，一旦病發，又無對症的葯，兇險之極。
孫傳庭於是委託吳又可為他的部隊治病。
吳又可首先採購絹布，裁成很多長條，用開水煮燙晾曬後，發給所有人，每人一條，嚴實包住面部，這就是早期的口罩，不戴面巾者不得出門。然後對所有人進行甄（zhēn）別，癥狀明顯者自立一區域；舌苔發黃，瞳仁發紅，臉色灰暗的傳染性極強者又立一區；稍輕微者再立一區。用白布條、紅布條、黃布條分別纏在患者的胳膊上作為標記，這些人以布條顏色各住一區，實行隔離，派兵把守，嚴禁區域內人員擅自離開。
沒有染病者擇地別居，至此徹底杜絕雜居現象，效果立竿見影，每天新患病人數在減少，死亡人數也在減少，吳又可親自調試了一種叫「達原飲」的藥劑，軍營內支起幾十口大鍋，通宵達旦地炮製湯藥，吳又可的配方很是奇特，他喜歡用一般人不敢用的大黃、芒硝等猛葯，病患者都被要求按時服藥。吳又可在做一件前人從來沒有做過的偉大事業。
據說，當時孫傳庭還請了附近寶剎的高僧每天來軍營高聲朗讀《楞嚴咒》，濃烈的草藥味伴著吉祥的咒語傳到人們的鼻中、耳中，居然成了死氣沉沉人們的靈丹妙藥。我有神佛加持，有好湯藥喝，我一定會好起來。即便沉痾（kě）纏身，萬念俱灰，沒有信仰者也得到了強烈的心理暗示，重燃生存的希望。信仰的確很能讓人振奮，有神佛在保佑和支撐，把一分悲哀或焦慮向他們傾訴，自己就卸去了半分沉重。你在電影里經常看到信徒去教堂，隔著一扇小門向裡面的神甫做懺悔，一旦神甫說孩子，主會寬恕你的，信徒便如釋重負，興高采烈地走了。人都會有精神壓力，若這種壓力在思想中長期鬱積而不得釋放便會變成毒，導致人的生理或心理上的疾病。有信仰者永遠不是一個人在戰鬥。
如此過了一個月，來勢洶洶的疫情終於被控制住了，有一部分重症者死掉了，但更多本來要死的人卻活下來了。靠吳又可一己之力，把面臨崩潰的危局給挽救回來了，誰說沒有活菩薩？吳又可大夫不就是嘛。孫傳庭很感謝吳又可，重賞了他。
可是醫者最多救人的性命，卻救不了頹廢的時局，此時大明王朝也已病入膏肓，正等待像吳又可這樣能開出一劑良方的神醫。在崇禎心裡，孫傳庭就是能救大明的神醫，孫傳庭也曾自詡為神醫，但他沒有吳又可的幸運。那個叫崇禎的病人很不配合，一副葯不見效，就要醫鬧，還要動手行兇。
孫傳庭像岳飛一樣，連接十八塊催命金牌。他仰天長嘆：催催催，催你奶奶的孫子。事到如今，我只好死馬當活馬醫了。他抱著必死的決心帶著大病初癒的部隊出關了。臨走前，吳又可告訴他還有一百多個重病號有傳染性，不能跟著部隊走，還是留在城裡吧，但必須著人看守，不能任他們亂跑。孫傳庭笑著說，我哪有人手留下看守他們？我自有安排，你不用操心了。在一個月黑風高夜，這些人被全部殺死，屍首就地焚燒。
吳又可憤怒地說：督師，您處理病患的方式可比在下有效。
孫傳庭說：既不能帶，又不能留，難道為一小局而壞我大局？亂世做大事者豈能操婦人之仁？
孫傳庭要吳又可隨軍一起出關，吳又可說要回家收拾一下，孫傳庭說好，可他連家都不回就逃走了，其實他已經料到孫傳庭必敗，李自成今非昔比，其勢不可擋。因此早早收拾好了包袱細軟，吩咐新娶的娘子在城門外喬裝等候，他倆一口氣從河南跑回老家蘇州東山。
不出吳又可所料，孫傳庭與李自成的作戰中接連失敗，最後壯烈殉國，大明朝最後一支生力軍土崩瓦解，崇禎本來可以不死的，他有過多次振興的機會，這都不談了，只講這一次，只要心口如一，真正地相信人家一次，就這麼一次，不要去干涉孫傳庭，他就不會落得個跑到煤山上弔死惡下場。畢竟是皇帝，一個體面人，死得卻那麼不體面。崇禎這個醫鬧，連著整死醫生，最終整死了自己。
這場瘟疫，在吳又可手裡得到了有效的控制，可吳又可一走，瘟疫又捲土重來。
李自成的大順軍消滅了孫傳庭之後，直取北京，但在北京只做了幾十天皇帝，就離開去了山海關，匆匆而來，匆匆而去。大順軍在路上遭到了瘟疫的襲擊，到了山海關戰鬥力就下降了一半，接下來和吳三桂的關寧鐵騎，多爾袞的八旗軍決戰，李自成大敗虧輸，據說大順軍遺屍上百里，路兩邊全是死人，想想都很可怕。
有一個奇怪的現象，至今難以解釋。瘟疫像長了眼睛，只盯著李自成的人攻擊，而吳三桂和多爾袞的人卻愣是沒有一個染病。照理說，大順軍被殺者甚多，伏屍百里，屍首來不及焚燒，都成為傳染源，空氣里瀰漫著病毒。可一旦李自成敗逃，瘟疫一夜之間也全軍開拔了，徹徹底底地，一點痕迹都沒留下。第一次世界大戰末，有一場西班牙流感肆虐幾大洲，奪走上億人的性命，此起彼伏18個月，也是突然間雲開日出，消失得無影無蹤。
歷史上有很多難以解釋的現象，瘟疫在哪裡發生，傳染周期多長，感染人數多少，致死率多少，彷彿冥冥之中都有一個定數，明末的這場瘟疫註定就是為了崇禎一死，李自成一敗而來的。吳又可躲過了大瘟疫，又躲過了兵荒馬亂，此後長年在家鄉潛心治學，根據多年的臨床經驗，他寫下了《瘟疫論》，這是世界上第一部關於防控瘟疫的醫學著作，至今熠熠生輝。
如今吳又可正化身為千千萬萬在一線與疫情殊死戰鬥的英雄們，用最美麗的語言讚美他們都不過分，更要向殉職的李文亮醫生致敬，那麼年輕，他沒有吳又可幸運，人生的窗帘剛剛拉開，還來不及看到窗外的景色就關上了，太令人痛心了。吳又可和李文亮是醫魂。
